Cada Iglesia de Scientology en particular está constituída de forma independiente y está gobernada por su propia junta directiva. Los oficiales y dirigentes también constituyen la dirección eclesiástica de la iglesia y son completamente responsables de la entrega de los servicios a sus feligreses.
La Iglesia de Scientology Internacional (Church of Scientology International [CSI]), la Iglesia Madre de la religión de Scientology, tiene su sede central en Los Ángeles. CSI supervisa todas las actividades eclesiásticas de todas las iglesias, organizaciones y grupos de Scientology a lo largo y ancho del mundo, y vela porque dichas iglesias individuales reciban guía en su servicio religioso. CSI también aporta la planificación y dirección generales, necesarias para mantener el crecimiento internacional de la Iglesia.